Народився у слободі Кантемирівка Богучарського повіту Воронезької губернії (Східна Слобожанщина). Батько його був вихідцем з Полтави.

Деякий час вчився у Воронезькій гімназії (виключений за участь у нелегальних гуртках), пізніше — у Ростові-на-Дону, Боброві (Воронежчина). 1918 року родина переїздить на Полтавщину, де Є. Плужник працює вчителем мови та літератури.

З 1920 навчався у Київському зоотехнічному інституті, в якому працював чоловік його сестри; навчання покинув, щоб стати актором. З 1921 року поет навчався у Київському музично-драматичному інституті імені Миколи Лисенка, де вчився у відомого тоді професора Володимира Сладкопевцева разом із В. Строєвим та В. Осєєвою. Попри успіхи в інституті він був змушений покинути навчання через туберкульоз. З 1924 року стає активним учасником організації «Ланка».

У 1926 році хвороба загострилася, однак поет вижив («Ти знаєш, якщо дуже захотіти, можна і не вмерти…»). Лікування проходив у Ворзелі. Відтоді двічі на рік — в Криму або на Кавказі. 1923 року Євген працював у редакціях, був перекладачем, а вечорами продовжував самоосвіту й писав вірші.

4 грудня 1934 заарештований НКВС. Звинувачений у належності до націоналістичної терористичної організації. В березні 1935 року виїзною Військовою колегією Верховного суду разом з Г. Епіком, М. Кулішем, В. Підмогильним, О. Ковінькою та іншими засуджений до розстрілу. Згодом вирок змінено на довготривале табірне ув'язнення на Соловках, де він помер від туберкульозу. Його останніми словами були «Я вмиюся, пригадаю Дніпро і вмру». Похований на табірному кладовищі. Могила не збереглася.

Реабілітований у серпні 1956 року. Умовна могила — на Байковому кладовищі в Києві, 9 дільниця.

Друкувався в журналах «Глобус», «Нова Громада», «Червоний Шлях», «Життя й Революція». У середині 1920-х років видав свої перші поетичні збірки «Дні» (1926) і «Рання осінь» (1927).

Поезії Плужника притаманний глибокий ліризм, драматизм почуттів, майстерна поетична мова.

Входив до літературних об'єднань «АСПИС» (1923–1924), «Ланка» та «МАРС». У «Ланці» був опонентом Т. Осьмачки. В тогочасній літературі — В. Сосюри.

Працював разом з В. Атаманюком і Ф. Якубовським над «Антологією української поезії» (1930–1932). Перекладав «Невський проспект» та «Одруження» Миколи Гоголя, «Похлібці» та «Злодії» Антона Чехова, «Тихий Дон» Михайла Шолохова, «Дитинство» й «Отроцтво» Л. Толстого, «Діло Артамонових» М. Горького, «Острів попелятих песців» Я. Кальницького, «Зруйновані гнізда» І. Кіпніса.

Плужник — автор збірки поезій «Рівновага» (1933, опубліковано в Аугсбурзі 1948, в Україні — 1966), роману «Недуга» («Сяйво», 1928), п'єс «Професор Сухораб» (1929), «У дворі на передмісті» (1929), «Болото» (текст невідомий), віршованої п'єси «Змова в Києві» («Шкідники», «Брати»). Останню мав ставити театр ім. І. Франка (режисер Кость Кошевський) та «Березіль» Леся Курбаса.

Автор вірша в оповіданні Валер'яна Підмогильного «Третя революція». Написав кілька сценаріїв для ВУФКУ, однак фільми не були поставлені. Доля сценаріїв невідома.

Спільно з Валер'яном Підмогильним уклав словник «Фразеологія ділової мови» (1926, 1927). Заради заробітку робив мовну редакцію «робітничих» письменників, зокрема, редагував «Роман міжгір'я» І. Ле.

·         Минуло всім, але не всім минулось.

·         Як два по два чотири: лівіють погляди — псуються і маніри.

·         Зміст — справа поглядів і часто… гонорару…

·         Люди часто говорять: «Я вас кохаю» тоді, як треба казати: «Я вас хочу…» Причім дуже часто на місце цього «вас» у другій формулі можна підставляти багатьох…

·         Хай розмовляють ті, кому сказати нічого…

·         Щоб покохати жінку, треба полюбити її як людину. Шукати в жінці людину — це суть кохання; в нім ріжність статей тільки підкреслює одність єства.

·         Та це ж розмова лиш! — Але розмова довга: почнеш у Києві, кінчиш на Соловках!